A nadie escapa que Pradejón no cuenta con una historia de muchos siglos. Es voz común que Pradejón es población reciente y así parecen confirmarlo la carencia de datos históricos y las tradiciones sobre su origen. Pero si que sorprende que los datos históricos de este archivo parroquial nos encaraman al siglo XVI que tampoco es un ayer a la vuelta de la esquina.
En ese tiempo nos sitúa el primer libro de bautizados que comienza así: “ Libro donde se asientan las personas que mueren y los que se bautizan y se casan en esta iglesia de Pradejón, el año 1953, siendo cura Juan Díaz, capellán de la catedral de Calahorra. Acaba este primer libro el año 1687 y consta de 152 folios.

El segundo folio dice así: “Memoria de las personas que han muerto en este barrio de Pradejón después que vine yo, Juan Díaz, a servir de cura en dicho barrio y fue el día del señor San Miguel del año 1592”. La primera partida corresponde al entierro de Pedro Rodero. Transcribo lo que se pueda leer:
Pedro Rodero – Primeramente vine estando... a enterrar a Pedro Rodero y lo enterré entrando, en la capilla de...iglesia, junto a la pila del agua bendita ( a continuación habla de las misas mandadas a celebrar.

En el mismo folio, 3.a Partida: María Marín. Murió María Marín, mujer  de Miguel Gil, a tres días del mes de abril de 1.593. Recibió los sacramentos como buena cristiana y mandó que se le diesen los oficios como se acostumbra y se dijesen cien misas rezadas por su ánima y de sus padres. Enterróse en el paño de medio.

Estas referencias nos dejan claro que Pradejón contaba ya con su iglesia pues se enterraba en ella, aunque no contaba con sacerdote residente.
Como acontecimiento anecdótico merece conocerse el acta de enterramiento que nos refiere el folio 60, referente a Francisca del Prado. " En diecisiete de agosto de mil seiscientos cuarenta y cuatro murió Francisca del Prado, mujer de Francisco Romeo, estando yo en Calahorra enfermo y sin dar cuenta su marido la llevó a enterrar al Villar y por no haber mandádose enterrar; hizo a cabo todo el oficio que se eligió en el Villar, concertándonos su marido y yo por quitarnos de pleito en que me diese dos fanegas de trigo. Las cuales recibí y por la verdad lo firmo en pro de fe a ocho... de dicho año ".

Vienen a continuación noticia de varios entierros realizados en el Villar, al parecer por enfermedad del sacerdote encargado de Pradejón, que recibe por cada entierro dos fanegas de trigo.

Pero lo que realmente interesa para esta crónica es lo referente al edificio, al templo, del que carecemos absolutamente de datos, hasta el año 1722 en que se hace una convocatoria en Calahorra, mediante un balido, en la esquina de la plaza de la verdura para que el que desee hacer la fábrica de la iglesia del barrio de Pradejón con las condiciones expuestas, se presente el 24 de junio de este mismo año en el barrio de Pradejón, ante los patronos de dicha iglesia.

El 24 de junio, entre las dos y la tres de la tarde, por voz de Pedro García, pregonero público de la villa de El Villar de Arnedo, se pregonó si había alguna persona que quisiese hacer obras.

Se realizaron varias ofertas, en pública subasta, que fueron desde los 4300 reales a los 3900 de Manuel de Viguera, vecino de Corera, a quien se le adjudicó la subasta. Comenzarán las obras el 1 de agosto del mismo año para concluirlas para el día de Pascua de Navidad.
Se hace correspondiente escritura notarial con las condiciones en que se realizará la obra y los plazos para los pagos que deberá realizar la fábrica de la iglesia, ante D. Manuel de Amatria, notario apostólico.