Pocos datos poseemos de la historia de Pradejón. Muy cerca del pueblo los arqueólogos han descubierto yacimientos de origen romano. En los límites con el término de Calahorra está el paraje denominado "La Maja".

Allí se han realizado en los últimos años varias campañas arqueológicas que han sacado a la luz dos hornos para la fabricación de cerámica, que ya estarían en funcionamiento en el siglo I. Parece ser que esos hornos formarían parte de un gran complejo alfarero que se extendería en los terrenos a caballo entre los términos municipales de Calahorra y Pradejón.

Para algunos autores Pradejón significaría "prado de pequeña extensión" y el origen de este pueblo habría que buscarlo en pequeñas comunidades de pastores que se establecerían por estos cerros, al lado del Ebro, en las épocas invernales. Con el tiempo las estancias de los pastores se fueron haciendo más largas hasta acabar instalándose definitivamente en esta comarca El gran número de corrales y edificios diseminados por los alrededores del pueblo, y que han estado habitados hasta épocas recientes, puede ser una prueba que avale este argumento.

A mediados del siglo XVIII los residentes en esta localidad no poseían jurisdicción propia y se veían obligados a cultivar tierras situadas dentro del término municipal de Murillo de Calahorra

Pradejón fue aldea de Calahorra hasta comienzos del siglo XIX. El año 1801 los vecinos solicitaron la gracia de ser Villa independiente. El año 1803, una Carta Real dada en Aranjuez por el rey Carlos IV, daba cumplimiento a aquel deseo.

En el Archivo Municipal se conserva un manuscrito con esta Carta en el que puede leerse entre otras cosas: "Permito, quiero, y es mi voluntad que podáis poner y pongáis horca, picota, cuchillo, y las otras insignias de jurisdicción que se han acostumbrado poner por lo pasado y se acostumbran por lo presente en las otras Villas que tienen y usan jurisdicción civil y militar:.".

De la lectura de ese documento obtenemos también información de la situación de Pradejón a comienzos del siglo XIX: "Se compone en la actualidad de más de setenta vecinos útiles dedicados a las labores del campo y cría de ganados; tiene iglesia Parroquial con dos sacerdotes, tiene también Casa Concejil con disposición para colocar los presos y Pósito con más de trescientas fanegas de trigo para el socorro de los pobres y de los labradores—".
Recientemente el Ayuntamiento ha adoptado el escudo y la bandera municipal representativos del municipio.